เซอร์ อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน ผู้จัดการทีมแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด ในตอนนั้นกล่าวว่าเขาได้เซ็นสัญญากับนักเตะดาวรุ่งที่ดีที่สุดเท่าที่ประเทศนี้เคยมีมาในรอบ 30 ปี หลังจากที่ เวย์น รูนี่ย์ ได้ย้ายเข้ามาร่วมทีมในช่วงโค้งสุดท้ายก่อนปิดตลาดซื้อขายนักเตะ
เวย์น รูนี่ย์ ย้ายมายังถิ่นโอลด์ แทรฟฟอร์ด เพียงไม่กี่สัปดาห์หลังจากสร้างชื่อในระดับนานาชาติกับทีมชาติอังกฤษในศึกยูโร 2004 ดาวยิงรายนี้ซัดไป 4 ประตูพาทีมสิงโตคำรามทะลุเข้ารอบก่อนรองชนะเลิศ ก่อนที่เขาจะมีอาการบาดเจ็บกระดูกฝ่าเท้ารบกวนจนต้องยุติบทบาทไปในทัวร์นาเม้นท์ดังกล่าว
ก่อนหน้านี้ รูนี่ย์ก็ได้เป็นที่กล่าวขวัญถึงในเวทีพรีเมียร์ ลีก ด้วยการประเดิมสนามให้กับเอฟเวอร์ตันด้วยวัยเพียง 16 ปี และเขาก็ยิงประตูชัยใส่อาร์เซนอลจากการปั่นระยะไกล โดยรวมแล้วเขายิงได้ทั้งหมด 15 ประตู จากการลงเล่น 67 เกม ในช่วงเวลา 2 ฤดูกาลกับทีมทอฟฟี่สีน้ำเงิน
หลังจากย้ายเข้ามา เซอร์ อเล็กซ์ ก็บอกว่า "ผมตื่นเต้นมากๆ เราได้ตัวนักเตะหนุ่มที่ดีที่สุดเท่าที่ประเทศนี้เคยมีมาในรอบ 30 ปี ทุกๆ คนต่างก็ปลาบปลื้มกับการเซ็นสัญญาในครั้งนี้มาก"
แล้วเขาก็เริ่มต้นอาชีพค้าแข้งกับแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด ด้วยการทำแฮตทริคในชัยชนะ 6-2 เหนือเฟเนร์บาห์เช่ในศึกยูฟ่า แชมเปี้ยนส์ ลีก รอบแบ่งกลุ่ม ซึ่งเป็นเวลา 4 สัปดาห์หลังจากที่เขาย้ายทีมเข้ามา ในฤดูกาลแรกกับทีมปีศาจแดงนั้น เขาซัดประตูไป 11 ลูกในลีก จากการลงเล่น 29 เกม
รูนี่ย์ยิงได้เกิน 10 ประตู และลงเล่นเกิน 25 เกมให้กับแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด ในทุกฤดูกาลนับจากนั้นเป็นต้นมา จนถึงตอนนี้เขาซัดไปแล้ว 141 ประตู จากการลงเล่น 280 เกมในพรีเมียร์ ลีก
รวมทั้งหมด เขายิงประตูไป 156 ลูกในลีกสูงสุด และก็เป็นดาวยิงสูงสุดตลอดกาลของพรีเมียร์ ลีก เป็นอันดับที่ 6 ด้วยวัยเพียงแค่ 27 ปี ลูกยิงที่น่าจดจำของเขาก็คือการโอเวอร์เฮดคิกใส่แมนเชสเตอร์ ซิตี้ เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2011 มันได้รับการโหวตให้เป็นประตูยอดเยี่ยมตลอด 20 ฤดูกาลของพรีเมียร์ ลีก
ในการค้าแข้งกับแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด นั้น รูนี่ย์คว้าแชมป์พรีเมียร์ ลีก ไปแล้ว 5 สมัย, ลีก คัพ 3 สมัย, ยูฟ่า แชมเปี้ยนส์ ลีก 1 สมัย และฟีฟ่า คลับ เวิลด์ คัพ อีก 1 สมัย
