แล้วคุณจะรู้ว่าวิกฤตแค่นี้ เราก็เคยผ่านมันมาแล้ว
ยุคของ เซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน (1986-ปัจจุบัน)
อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้เข้ามาคุมทีมต่อ โดยในฤดูกาลแรกสโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับ 11 แต่ในปีต่อมาก็ได้อันดับสองโดยไบรอัน แมคแคลร์ทำประตูได้ถึง 21 ประตู เป็นคนแรกของทีมหลังจากที่จอร์จ เบสต์เคยทำได้มาก่อนหน้านี้
ในปี 1989 เฟอร์กูสันเกิดความยากลำบากในการคุมทีมขึ้น เนื่องจากตัวผู้เล่นหลายตัวที่เขานำเข้ามาในทีมไม่เป็นที่พอใจของแฟนบอล มีข่าวออกมาว่าสโมสรจะปลดเฟอร์กี้ออกจากการเป็นผู้จัดการทีมในช่วงต้นปี 1990 แต่การชนะนอตติ้งแฮม ฟอเรสต์ในรอบสาม ของเอฟเอ คัพ ก็ทำให้เขาสามารถคุมทีมต่อไปได้ จนคว้าแชมป์เอฟเอ คัพได้ในปีนั้น เป็นแชมป์แรกให้กับเขาในการคุมแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด
ฤดูกาล 1990-91 แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดคว้าแชมป์คัพ วินเนอร์ส คัพ โดยการเอาชนะบาร์เซโลนา จากสเปน ในนัดชิงชนะเลิศ แต่ปีต่อมาทีมทำผลงานไม่ดีนักในพรีเมียร์ลีก
สโมสรแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดได้เข้าสู่ตลาดหลักทรัพย์ในลอนดอนเมื่อปี 1991 ด้วยมูลค่าทรัพย์สิน 18 ล้านปอนด์ จากนั้น สโมสรต้องเปิดเผยข้อมูลการเงินทั้งหมดสู่สาธารณะ
เอริค คันโตนาย้ายจากลีดส์ ยูไนเต็ดมาร่วมทีมเมื่อปี 1992 ส่งผลต่อผลงานของทีมเป็นอย่างมาก ทำให้ทีมได้แชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาลนั้นทันที ซึ่งนับเป็นแชมป์ลีกหนแรกหลังจากที่ได้มาในปี 1967 ปีต่อมา ทีมได้ดับเบิลแชมป์เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสร แต่ในปี 1994 นั้นเอง แมตต์ บัสบี ตำนานกุนซือของได้เสียชีวิตลงในวันที่ 20 มกราคม
ฤดูกาล 1994-95 คันโตนาถูกสมาคมฟุตบอลอังกฤษลงโทษห้ามแข่งถึง 8 เดือน หลังจากที่ไปกระโดดถีบใส่แฟนบอลคริสตัล พาเลซ ปีนั้น แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดได้รองแชมป์ทั้งพรีเมียร์ลีกและเอฟเอ คัพ เฟอร์กูสันได้กระทำสิ่งที่ขัดใจแฟนบอลของทีมอีกครั้ง ด้วยการขายนักเตะสำคัญของทีมและดันนักเตะจากทีมเยาวชนขึ้นมาเล่นแทน แต่ปีนั้น ทีมก็สามารถคว้าดับเบิลแชมป์ได้อย่างน่ายกย่อง โดยเป็นทีมแรกของเกาะอังกฤษ ที่สามารถคว้าดับเบิ้ลแชมป์ได้เป็นสมัยที่ สอง ซึ่งเว้นจากครั้งแรกที่ได้ดับเบิ้ลแชม์ในปี 1994 เพียงปีเดียว และสามารถที่จะลบคำสบประมาทที่ถูกปรามาสเอาไว้ว่าไม่สามารถที่จะประสบความสำเร็จใดๆได้ จากการผลักดันเด็กเยาวชนของทีมให้ขึ้นมาเล่นในทีมชุดใหญ่
สโมสรคว้าแชมป์ลีกอีกครั้งในปี 1997 จากนั้น เอริค คันโตนาได้ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลด้วยวัยเพียง 30 ปีซึ่งเร็วกว่านักเตะคนอื่นๆ มาก ฤดูกาลทีมยังเริ่มต้นการแข่งขันได้ดี แต่มีปัญหาอาการบาดเจ็บรบกวนมามากจนทำให้จบฤดูกาลได้เพียงอันดับสองเท่านั้น
ปี 1998-99 ถือเป็นปีที่ประสบความสำเร็จมาที่สุดในประวัติศาสตร์สโมสร ด้วยการเป็นทีมแรกของอังกฤษที่คว้าทริปเปิลแชมป์ ซึ่งประกอบด้วยพรีเมียร์ลีก เอฟเอคัพ และยูฟา แชมเปียนส์ลีกได้ในฤดูกาลเดียวกันอย่างน่าประทับใจ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในรอบชิงชนะเลิศฟุตบอลยูฟา แชมเปียนส์ลีก โดยในนาทีสุดท้ายของเกมนั้น ทีมยังตามหลังบาเยิร์น มิวนิกอยู่ 1-0 แต่แล้วในช่วงทดเวลาบาดเจ็บ 3 นาทีนั้น ทีมสามารถทำได้ถึงสองประตูพลิกกลับมาชนะ 2-1 ได้อย่างเหลือเชื่อ จาก เท็ดดี้ เชอริงแฮม และ "เพชรฆาตหน้าทารก" โอเล่ กุนนาร์ โซลชา
จากการคว้าสามแชมป์ ทำให้อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้รับการพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์ จากสมเด็จพระบรมราชินีนาถเอลิซาเบถที่ 2 เป็นท่านเซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน เพื่อตอบแทนผลงานที่สามารถสร้างชื่อเสียงและเกียรติประวัติให้แก่ประเทศ ซึ่งถือเป็นบุคคลที่ได้รับตำแหน่งท่านเซอร์คนที่ 3 ในประวัติศาสตร์ของสโมสร โดยผู้ที่ได้รับคนแรกคือ เซอร์แมตต์ บัสบี้ คนที่สองคือ เซอร์บอบบี้ ชาร์ลตัน ตำนานของสโมสรแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด
หลังจากคว้าแชมป์ลีกในฤดูกาลที่ผ่านมา ในฤดูกาล 1999-2000 ถึง 2000-2001 ยูไนเต็ดสร้างประวัติศาสตร์ใหม่ในวงการฟุตบอลอังกฤษโดยการแชมป์ลีก 3 ครั้งติดต่อกัน ซึ่งเป็นทีมทึ่ 4 ที่ทำได้ (ทีมที่ทำได้ก่อนหน้าคือลิเวอร์พูล, อาร์เซน่อล, และฮัดเดอร์สฟิลด์ทาวน์) และในช่วงนั้นยูไนเต็ดได้คว้าตัวนักเตะสำคัญคือ กองหน้าคนใหม่ รุด ฟาน นิสเตลรอย ซึ่งปัจจุบันได้กลายเป็น 1 ในตำนานสโมสรที่ลงสนาม 220 นัด และยิงได้ถึง 150 ประตู และริโอ เฟอร์ดินานด์ กองหลังที่มีค่าตัวสูงถึง 30 ล้านปอนด์
แต่อย่างไรก็ดี ในปี 2001-2006 ยูไนเต็ดได้ประสบปัญหาหลายอย่าง อย่างแรกคือสโมสรไม่สามารถหาผู้รักษาประตูที่เป็นตัวตายตัวแทนของ ปีเตอร์ ชไมเคิ่ล ได้ สโมสรได้เปลี่ยนผู้รักษาประตูมือ 1 หลายคน ไม่ว่าจะเป็นมาร์ค บอสนิช, ไรมอนด์ ฟาน เดอ ฮาว, มัสซิโม่ ตาอิบี้, พอล ราชุบก้า, แอนดี้ กอแร่ม, ฟาเบียง บาร์กเตซ, ทิม โฮเวิร์ด, รอย คาโรล, และ ริคาร์โด้ โลเปซ และปัญหาอีกอย่างหนึ่งคือมีผู้เล่นที่เป็นกำลังหลักจำนวนมากได้ออกจากสโมสรไม่ว่าจะเป็นยาป สตัม, เดวิด เบ็คแฮม, รอย คีน, หรือแม้กระทั่ง รุด ฟาน นิสเตลรอย โดยมีสาเหตุมาจากการมีปัญหากับเซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน ทั้งสิ้น ในช่วง 5 ปีนี้ ยูไนเต็ดคว้าแชมป์ลีกเพียงครั้งเดียว (ฤดูกาล 2002-2003) และได้ถ้วยรางวัลอื่นๆ อีก 2 รายการ คือ เอฟเอคัพ (2003-2004) และ ลีกคัพ (2005-2006) เท่านั้น โดยใน 2 ฤดูกาลหลัง เชลซีได้เข้ามามีบทบาทเด่นในฟุตบอลลีกเนื่องมาจากการเข้าเทคโอเวอร์สโมสรของ โรมัน อบราโมวิช มหาเศรษฐีชาวรัสเซีย ทำให้เชลซีมีงบประมาณซื้อตัวผู้เล่นไม่จำกัดและคว้าแชมป์ลีก 2 ปีติดต่อกัน
ต่อมาในปี 2006-2007 ซึ่งเป็นปีที่ครบรอบ 50 ปีของความสำเร็จนักเตะชุด "ทารกของบัสบี้" (Busby's Babe) ยูไนเต็ดได้เปลี่ยนชุดแข่งเป็นแนวย้อนยุคโดยมีความคล้ายคลึงกับชุดแข่งเมื่อ 50 ปีก่อน ในปีนี้ 11 ผู้เล่นของยูไนเต็ดมีความลงตัวกว่าปีที่ผ่านๆ มา ผู้เล่นที่โดดเด่นมี เอ็ดวิน ฟาน เดอ ซาร์ ผู้รักษาประตูคนใหม่ที่เป็นตัวแทนของ ปีเตอร์ ชไมเคิ่ล และกองหลังมี แกรี่ เนวิลล์ กัปตันทีมที่รับช่วงต่อจากรอยคีน และมี ริโอ เฟอร์ดินานด์เป็นแกนกลาง, กองกลางมี คริสเตียโน่ โรนัลโด้ ปีกดาวรุ่งโปรตุเกสที่สืบทอดเสื้อหมายเลข 7 ต่อจากเดวิด เบ็คแฮม และไมเคิ่ล คาร์ริก มิดฟิลด์ห้องเครื่องคนใหม่ที่เล่นเข้าขากับกองกลางรุ่น 3 แชมป์อย่างพอล สโคลส์ และไรอัน กิ๊กส์ เป็นอย่างดี และกองหน้ามี เวย์น รูนีย์ ดาวยิงประตูที่มีค่าตัวถึง 27 ล้านปอนด์เป็นกำลังหลัก ด้วยทีมที่ลงตัวนี้ ทำให้ยูไนเต็ดคว้าแชมป์ลีกได้อีกครั้ง
กัปตันคนปัจจุบันของสโมสรคือ แกรี เนวิลล์ ที่รับช่วงต่อมาจาก รอย คีน เมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน ค.ศ. 2005
ยังมีเด็กอมมือคนไหนกล้าออกมาพูดอีกมั้ยครับว่า"ไล่เซอร์ไปจากทีม แล้วเก็บรูนนีย์ไว้"
